Kurz nach Beginn der zweiten Hälfte erzielte Andreas Brysch (48.) die Führung für die Gastgeber, ehe Jürgen Schmid in der letzten Minute den Endstand perfekt machte.
Regensburg festigte damit seine Spitzenposition und hat bereits sechs Zähler Vorsprung auf einen Nichtaufstiegsplatz.
Reutlingen unterliegt Stuttgart
Der SSV Reutlingen verlor gegen die zweite Mannschaft des VfB Stuttgart mit 0:2 (0:1). Damit riss zugleich eine Serie, denn es war die erste Reutlinger Heimniederlage seit acht Monaten.
Vor 3000 Zuschauern gingen die Gäste durch Matthias Morys (24.) in Front. Doch erst mit dem Treffer von Sebastian Hofmann (89.) kurz vor Spielende hatten die Stuttgarter den Auswärtssieg sicher.
Wacker tritt auf der Stelle
1:1-Unentschieden trennten sich der FSV Frankfurt und Zweitliga-Absteiger Wacker Burghausen.
Frankfurt führte durch ein Tor von Matias Esteban Cenci (28.), doch in der Schlussphase gelang Burghausen durch einen Treffer von Florian Galuschka (78.) noch der Ausgleich.
Und das obwohl Wacker ab der 69. Minute in Unterzahl spielen musste. Andreas Niederquell hatte wegen wiederholten Foulspiels die Gelb-Rote Karte gesehen.
Aalen verliert überraschend
Eine überraschende Pleite kassierte der VfR Aalen. Die Mannschaft von Trainer Edgar Schmitt unterlag bei der zweiten Mannschaft des TSV 1860 München mit 0:3 (0:2) und rutschte vom zweiten auf den vierten Tabellenplatz ab.
Die Tore erzielten Ralf Schmitt (33.), Andreas Baufeldt (45.) und Björn Ziegenbein (56.).
Kellerduell geht an Karlsruhe
Das Kellerduell zwischen Elversberg und Karlsruhe II entschieden die Gäste für sich.
Zwar gingen die Gastgeber durch Marcus Feinbier (52.) in Führung, doch Lars Stindl (62.) und Mathias Fetsch (89.) sorgten danach für den ersten Saisonsieg der Karlsruher.
In der ersten Hälfte hatte Ole Schröder (41.) zudem einen Foulelfmeter für die Gäste verschossen.