Die Polizei, die mit etwa 1000 Beamten im Einsatz war, nahm vor Beginn des Staffellaufs vorübergehend drei Menschen fest, einen chinesischen Mönch und zwei Japaner.
Es habe sich um eine Vorsichtsmaßnahme gehandelt, sagte ein Sprecher. Die drei hätten geplant, den Fackellauf zu stören.
Die Fackelläufer wurden von den umstrittenen chinesischen Wächtern umringt, die in anderen Orten durch ihre ruppige Art im Umgang mit Demonstranten aufgefallen waren.
Der 16,5 Kilometer lange Parcours endete an dem zweithöchsten Gebäude der Welt, den Petronas-Towers.
Malaysia ist ein überwiegend muslimisches Land. Die Regierung steht in der Diskussion um Chinas Tibet-Politik fest an der Seite Pekings.
Der Fackellauf sollte nicht von politischen Ereignissen überschattet werden, teilte die Regierung mit. Als nächste Station beim Fackellauf steht für den 22. April Jakarta in Indonesien auf dem Programm.
