Auf der zweiten Etappe über 173,7 km von Aalter nach Ardooie war der 29-Jährige erneut zu schnell für seine Rivalen und feierte den zweiten Tagessieg in Folge.
Der Omega-Pharma-Lotto-Profi setzte sich im Schlusspurt vor dem US-Amerikaner Tyler Farrar (Garmin-Cervélo) und dem Norweger Edvald Boasson Hagen (Sky) durch.
Phinney weiter Gesamtführender
Der als Sechster ins Ziel gekommene US-Amerikaner Taylor Phinney (BMC Racing) behauptete in der Gesamtwertung die Spitzenposition mit drei Sekunden Vorsprung auf Boasson Hagen.
Greipel, der im Vorjahr bei der früheren Benelux-Rundfahrt ebenfalls zwei Etappen für sich entschieden hatte, rückte durch seinen achten Saisonsieg weitere sieben Sekunden zurück vom 16. auf den fünften Platz vor.
