Bis auf ein paar Kratzer an der Hüfte blieb Armstrong unverletzt, kam beim Tagessieg seines Landsmanns Thomas Peterson (Garmin) mit einer Verfolger-Gruppe ins Ziel und verbesserte sich in der Gesamtwertung auf Platz vier.
"Das Motorrad stürzte direkt vor mir, und ich bin voll draufgeknallt. Es war etwas unglücklich, hätte aber schlimmer ausgehen können", sagte Armstrong.
Levi Leipheimer in Führung
Nach der 187 Kilometer langen zweiten Etappe von Sausalito nach Santa Cruz übernahm Armstrongs Astana-Teamkollege Levi Leipheimer die Führung im Gesamtklassement.
Der zweimalige Rundfahrt-Sieger attackierte am letzten Anstieg etwa 30 Kilometer vor dem Ziel und beendete die Etappe vor Columbia-Profi Michael Rogers (Australien) auf Platz zwei.
Im Gesamtklassement liegt US-Profi Leipheimer 24 Sekunden vor Rogers.
Der Radsport-Kalender 2009 im Überblick
