Prosinecki hatte bei der Qualifikation zur WM 2018 noch die Nationalmannschaft Aserbaidschans trainiert, verließ diesen Posten aber im Anschluss.
Zuvor stand der ehemalige kroatische Nationalspieler unter anderem bei Roter Stern Belgrad und Kayserispor an der Seitenlinie. Sein erstes Spiel mit Bosnien wird er am 28. Januar gegen die USA absolvieren.