Insgesamt werden 48 Teams auf vier Lostöpfe verteilt, die Zuordnung zum jeweiligen Lostopf erfolgt anhand des Klub-Koeffizienten. Dabei können Mannschaften aus dem gleichen Land nicht derselben der insgesamt zwölf Gruppe zugelost werden.
| Topf 1 | Topf 2 | Topf 3 | Topf 4 |
| FC Valencia | PAOK Thessaloniki | Eintracht Frankfurt | Slovan Liberec |
| Olympique Lyon | Red Bull Salzburg | Vitoria Guimaraes | FC Thun |
| Tottenham Hotspur | KRC Genk | Legia Warschau | SV Zulte Waregem |
| Dynamo Kiew | Dinamo Zagreb | Maccabi Haifa | Apollon Limassol |
| PSV Eindhoven | Dnipro Dnipropetrowsk | Rapid Wien | FC St. Gallen |
| Girondins Bordeaux | Trabzonspor | FC Pacos de Ferreira | Esbjerg FB |
| Rubin Kasan | Anschi Machatschkala | GD Estoril Praia | HNK Rijeka |
| FC Sevilla | Betis Sevilla | Sheriff Tiraspol | Ludogorez Rasgrad |
| Standard Lüttich | Wigan Athletic | Tschornomorez Odessa | Schatjor Qaraghandy |
| AC Florenz | APOEL Nikosia | NK Maribor | Maccabi Tel Aviv |
| Lazio Roma | Swansea City | Kuban Krasnodar | Tromsö |
| AZ Alkmaar | SC Freiburg | IF Elfsborg | Pandurii Tg Jiu |
| Gruppe A | Gruppe B | Gruppe C |
| FC Valencia | PSV Eindhoven | Standard Lüttich |
| Swansea City | Dinamo Zagreb | FC Salzburg |
| Krasnodar | Tschornomorez Odessa | IF Elfsborg |
| FC St. Gallen | Ludogorez Rasgrad | Esbjerg FB |
| Gruppe D | Gruppe E | Gruppe F |
| Rubin Kasan | AC Florenz | G. Bordeaux |
| Wigan Athletic | Dnipropetrowsk | APOEL Nikosia |
| NK Maribor | FC Pacos de Ferreira | Eintracht Frankfurt |
| SV Zulte Waregem | Pandurii Targu Jiu | Maccabi Tel Aviv |
| Gruppe G | Gruppe H | Gruppe I |
| Dyn.Kiew | FC Sevilla | O. Lyon |
| KRC Genk | SC Freiburg | Betis Sevilla |
| Rapid Wien | GD Estoril Praia | Vitoria Guimares |
| FC Thun | Slovan Liberec | HNK Rijeka |
| Gruppe J | Gruppe K | Gruppe L |
| Lazio Rom | Tottenham | AZ Alkmaar |
| Trabzonspor | Anschi Machatschkala | FC Paok |
| Legia Warschau | FC Sheriff | Maccabi Haifa |
| Apollon Limassol | Tromsö | Schatjor Qaraghandy |
