Der Österreicher fällt nach einer Operation am Gesäßmuskel für mehrere Monate aus.
Der 23-Jährige hatte sich im Training am 17. März einen Muskeleinriss mit langem Riss an der Muskelsehnenplatte erlitten.
Bei dem Eingriff wurde die Muskelhülle unter Verstärkung wieder verschlossen.
"Es tut mir sehr weh, dass ich Werder in der Endphase der Bundesliga nicht helfen kann", sagte Prödl, der vor seiner Verletzung in dieser Saison bereits 35 Pflichtspiele für die Bremer absolviert hatte.
Die Bundesliga auf einen Blick
