Fischer wechselte 2002 aus der C-Jugend des SSV Ulm 1846 zum VfB. 2004 wechselte er wegen einer eher enttäuschenden Saison wieder zurück zum SSV Ulm, um nach einem Jahr wieder nach Stuttgart zurückzukehren. Sein Profi-Debüt gab er in der vergangenen Saison im Champions-League-Spiel gegen den FC Barcelona.
Sein erster Bundesliga-Treffer gelang Fischer beim Saisonabschluss gegen Arminia Bielefeld. "Manuel ist ein hoffnungsvolles Talent. Ihn zeichnet sein ausgeprägter Torriecher aus, und wenn er so weitermacht, wird er sich über kurz oder lang in der Bundesliga behaupten können", sagte VfB-Trainer Armin Veh.
