Cancellara war am Samstag 15 Kilometer vor dem Ziel in einer Kurve nach einem Fahrfehler gestürzt und hatte sich an der rechten Schulter verletzt.
Untersuchungen im Krankenhaus bestätigten zwar nicht die Befürchtungen eines erneuten Schlüsselbeinbruches, allerdings trug er eine schwere Schulterprellung davon. Dabei ist es außerdem zu einer "Einblutung in den Muskel" gekommen, wie das Schweizer Team mitteilte.
Cancellara zählt beim Zeitfahren am Mittwoch zu den größten Rivalen von Zeitfahr-Weltmeister Tony Martin. Martin hatte sich bei der Tour das Kahnbein in der linken Hand gebrochen.
Die Verletzung ist noch immer nicht verheilt, aus diesem Grund stieg der gebürtige Cottbuser bei Kilometer 180 des Straßenrennens aus.