Hunderte pro-chinesischer Demonstranten säumten die Straßen mit roten Fahnen, während Tibet-Aktivisten gegen die chinesische Unterdrückung Tibets protestierten.
Drei Männer wurden japanischen Fernsehberichten zufolge festgenommen, als sie versuchten, den Fackellauf zu behindern. Vier weitere wurden leicht verletzt.
Fackellauf ohne große Unterbrechungen
Die Fackel konnte dennoch ohne große Unterbrechungen von Läufer zu Läufer weitergereicht werden, während rund 100 Polizisten sie abschirmten.
Bei vereinzelten Regentropfen und starkem Wind war die Flamme am Morgen unter Ausschluss der Öffentlichkeit entzündet worden.
Umringt von japanischen Beamten und zwei chinesischen Fackel-Bewachern machte sich dann der erste Läufer auf den 18,7 Kilometer langen Weg durch die Stadt der Winterspiele von 1998.
Zahlreiche aus dem ganzen Land angereiste chinesische Studenten mit teils riesigen Nationalfahnen sowie Pro-Tibet-Demonstranten standen sich gegenüber und versuchten sich mit Sprechchören wie "Ein China" und "Freies Tibet" zu übertönen.
Japaner versucht Fackel zu stehlen
Ein Mann mit einer Tibet-Flagge wurde blitzschnell von Sicherheitskräften überwältigt und verhaftet, als er auf den Fackelzug zu rannte.
Es soll sich laut Fernsehberichten um einen Taiwanesen handeln.
Ein Japaner wurde laut Polizei beim Versuch, einem Läufer die Fackel zu entreißen, festgenommen. Ein Dritter wurde festgenommen, als er ein Ei auf die Läufer warf.
Seoul ist die nächste Station der Fackel
Vor dem Start des Fackellaufs war es am frühen Morgen zu einer kurzen Rangelei zwischen japanischen Rechtsradikalen und Chinesen gekommen.
Schwere Auseinandersetzungen wie bei den Läufen zuvor in Paris oder London blieben aber aus. Gut 3000 japanische Polizisten waren im Einsatz.
Auf ihrem Weg nach China wird die Flamme nach dem Fackellauf durch Nagano nun in Südkoreas Hauptstadt Seoul erwartet.