Der 47-jährige übernimmt die Rolle von Co-Trainer Alexander Haase, der krankheitsbedingt nicht an der Europameisterschaft teilnehmen kann.
"Ich freue mich auf die Zusammenarbeit mit Erik Wudtke, dessen Arbeit in den Nachwuchs-Nationalmannschaften ich intensiv verfolgt habe und schätze", sagte Prokop und wünschte Haase "alles Gute".
Seinen Einstand auf der Bank der deutschen A-Nationalmannschaft wird Wudtke beim EM-Test am 4. Januar in Mannheim gegen Island feiern.
Das Turnier startet fünf Tage später in Trondheim gegen die Niederlande.