"Die Entscheidung für die Alemannia fiel mir letztendlich sehr leicht. Ich brauche das Gefühl, dass man einen Spieler wie mich - mit allen Stärken und Schwächen - wirklich einschätzen und gebrauchen kann", wird Auer zitiert.
Dieses Gefühl habe ihm Alemannia-Trainer Jürgen Seeberger in den Transfer- Gesprächen vermittelt. In der Spielzeit 2007/2008 bestritt Auer für Bochum 17 Erstliga-Partien und erzielte fünf Tore.