Der Perunaer verletzte sich beim 1:0-Erfolg gegen Atletico Madrid im Hinspiel der 3. Qualifikationsrunde der Champions League schwer an der Schulter.
"Er hat sich vermutlich eine Schultereckgelenkssprengung zugezogen. Zudem sind wohl ein paar Bänder kaputt", sagte Schalkes Manager Andreas Müller zerknirscht.
In einem Zweikampf mit Luis Perea fiel Farfan unglücklich auf die Schulter. Die endgültige Diagnose wird nach den Untersuchungen am Donnerstag erwartet.