Der 28-Jährige ist bereits seit sechseinhalb Spielzeiten für die Köpenicker aktiv und bestritt insgesamt 163 Pflichtspiele für die Eisernen.
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"Auf seine Einsatzbereitschaft, seine Verlässlichkeit und seinen Kampfgeist hätte ich nicht verzichten wollen", sagte Berlins Trainer Norbert Düwel.
Parensen wechselte 2009 vom 1. FC Köln in die Hauptstadt.
Michael Parensen im Steckbrief