Der 25-Jährige siegte nach 167,7 km von Vitoria-Gasteiz nach Trapagaran knapp vor seinem Landsmann Carlos Betancur (AG2R). Dritter wurde der Italiener Giampaolo Caruso (Katjuscha).
Der durch einen Sturz am Montag an der Hand verletzte Zeitfahr-Weltmeister Tony Martin (Cottbus/Quick Step) kam nur als 94. mit 10:09 Minuten Rückstand ins Ziel und fiel in der Gesamtwertung weiter zurück. Bester Deutscher nach der Bergankunft war der zweimalige Gesamtsieger Andreas Klöden (Mittweida/RadioShack) auf Rang 37.
Klöden bester Deutscher
In der Gesamtwertung übernahm Henao die Führung vor seinem Landsmann Nairo Quintana (+8 Sekunden/Movistar) und dem Australier Richie Porte (+10/Sky). Klöden liegt als bester Deutscher mit 1:21 Minuten Rückstand auf Rang 33. Das vierte Teilstück führt am Donnerstag über 151,6 km von Trapagaran nach Eibar-Arrate. Die Rundfahrt endet am Sonntag mit einem Einzelzeitfahren in Beasain.
Die Radsport-Termine der Saison 2013