Der Champions-League-Sieger stand drei Tage vor dem ersten Gruppenspiel in der Königsklasse gegen Benfica Lissabon sogar kurz vor einer Niederlage.
Doch Verteidiger Alessandro Nesta rettete mit seinem Treffer in der 90. Minute einen Punkt für die Gäste.
Massimo Maccarone hatte die Gastgeber in Führung gebracht (24.).
Lazio enttäuscht
Milan hat nun fünf Punkte auf dem Konto, Siena bleibt mit einem Zähler im unteren Tabellendrittel.
Im zweiten Spiel des Samstags trennten sich Lazio Rom und Empoli 0:0.