Auf dem fünften Teilstück im niederländischen Sittard-Geleen war der 34-Jährige über 13,2 km vier Sekunden schneller als der zweitplatzierte Tom Dumoulin (Niederlande/Argos).
In der Gesamtwertung liegt Chavanel nun als Zweiter vier Sekunden hinter Titelverteidiger Lars Boom (Niederlande/Belkin), der am Freitag mit 20 Sekunden Rückstand Zehnter wurde.
Für die letzten beiden Etappen kehrt die Eneco-Tour nach Belgien zurück. Am Samstag führt die sechste Etappe zunächst über 150 km von Riemst nach Aywaille. Die Rundfahrt endet am Sonntag in Geraardsbergen.