Als Grund führte der Richter das hohe Fluchtrisiko wegen der "gewaltigen finanziellen Mittel" und die Gefahr der Beweisvernichtung an.
Die Polizei hatte die beiden am Dienstagvormittag in Madrid festgenommen. Dem 67-Jährigen Villar, Vizepräsident in der Europäischen Fußball-Union (UEFA) und im Weltverband FIFA, und auch seinem Sohn Gorka werden Korruption und Unterschlagung vorgeworfen.
Eine Anti-Korruptions-Einheit der Guardia Civil hatte die Räume des Verbandes RFEF in der spanischen Hauptstadt durchsucht und dabei noch weitere hochrangige Funktionäre verhaftet.
Villar, der viele Jahre lang als großer Strippenzieher im internationalen Fußball galt, ist seit 1988 Präsident des spanisches Verbandes. Nach der Suspendierung von Michel Platini amtierte er in der UEFA knapp ein Jahr lang als Interimspräsident, bis der Slowene Aleksander Ceferin im September vergangenen Jahres gewählt wurde.