Die Vereinsführung nannte den "negativen Trend" der vergangenen Wochen als Grund.
Munoz (41) war erst seit Dezember 2020 im Amt. Ein Nachfolger für den Spanier steht noch nicht fest.
Watford hat nur eines der jüngsten sechs Pflichtspiele gewonnen, am Samstag gab es ein 0:1 in der Liga bei Leeds United.
Nach sieben Saisonpartien haben die Hornets sieben Punkte auf dem Konto.