"Du musst den Zweikampf hundertprozentig konzentriert bestreiten und gewinnen", sagte der Coach bei Sky über Kapitän Benedikt Höwedes, der vor dem 0:1 den Ball gegen Franck Ribery verloren hatte.
Höwedes selbst sprach von einem "super ärgerlichen" Fehler.
Während der Weltmeister die Begegnung aber trotz schwachen Beginns zu Ende spielen durfte, nahm Weinzierl den enttäuschenden Offensivspieler Max Meyer zur Pause raus.
"Max Meyer ist Nationalspieler und hat einen hohen Anspruch an sich selbst. In der ersten Halbzeit hat er sechs Zweikämpfe bestritten und einen gewonnen - die Zahlen sprechen für sich selbst", sagte Weinzierl zu Meyers Leistung.
Weinzierl: "Ausgeschieden, mehr nicht"
Langfristige Folgen des schwachen Auftritts beim Rekordpokalsieger fürchtet Weinzierl jedoch nicht.
"Das bedeutet, dass wir ausgeschieden sind, mehr nicht", sagte er, "wir werden uns schnell wieder aufrichten. Es warten schwere Aufgaben, aber andere Gegner, die nicht so stark sind wie Bayern München."
In drei der nächsten vier Pflichtspiele bekommt es Schalke mit Borussia Mönchengladbach zu tun, am Samstag (18.30 Uhr im Liveticker) zunächst auswärts in der Bundesliga, dann zwei Mal im Achtelfinale der Europa League. Dazwischen kommt Weinzierls Ex-Klub FC Augsburg nach Gelsenkirchen.
Markus Weinzierl im Steckbrief
