Koller war seit Sommer 2018 Trainer in Basel und wurde in der Saison 2018/19 Cupsieger. Am nächsten Dienstag betreut Koller den FCB im Cup-Halbfinale gegen Winterthur und im Falle eines Sieges danach am Sonntag, 30. August, auch noch im Endspiel gegen die Young Boys Bern.
Bezüglich seines Nachfolgers in Basel ist noch keine Entscheidung gefallen. Sein Nachfolger könnte ein alter Bekannter sein. Neben der Schweizer Stürmer-Legende Alex Frei, werden auch Ex-Salzburger Peter Zeidler (aktuell sehr erfolgreich bei St. Gallen) und Ex-LASK-Coach Valerien Ismael gehandelt. Mit Ismael soll es bereits ein Treffen gegeben haben.