Allerdings wird Thomas dem Klub in einer noch nicht näher beschriebenen Funktion erhalten bleiben.
"Ich kann gar nicht genau sagen, wo genau sein Fehler liegt", erklärte Donnie Walsh, der am 2. April als neuer Team President bei den Knicks eingesetzt worden war, gegenüber "ESPN", "aber wir haben in dieser Saison einen Punkt erreicht, an dem unser Team nicht mehr wettbewerbsfähig war."
Im Dezember 2003 wurde Thomas Präsident bei den Knicks. In dieser Saison erreichte das Team noch die Playoffs, scheiterte aber in der ersten Runde mit 0:4 an den New Jersey Devils. Es war der letzte Postseason-Auftritt des NBA-Champions von 1970 und 1973.
Coach und Präsident
Im Juni 2006 wurde Thomas nach fortwährenden Auseinandersetzungen mit Star-Coach Larry Brown schließlich Headcoach der Knicks und führte den Klub fortan in Doppelfunktion.
23 Siege, 59 Niederlagen lautete die Bilanz in der gerade zu Ende gegangenen Regular Season. So schlecht waren die Knicks in ihrer fast 62-jährigen Klubgeschichte zuvor nur in der Saison 2005/2006 gewesen. Als Cheftrainer der Knicks bringt es Thomas auf die vernichtende Bilanz von 56 Siegen bei 108 Niederlagen.