Der 26-jährige Spanier setzte sich gegen den Rekord-Grand-Slam-Gewinner aus der Schweiz nach lediglich 1:24 Stunden mit 6:4, 6:2 durch.
Für den Weltranglistenfünften Nadal, der das mit rund sechs Millionen Dollar dotierte Turnier in Kalifornien 2007 und 2009 gewann, war es der 19. Sieg im 30. Match mit dem drei Positionen vor ihm stehenden Federer.
Im Halbfinale trifft Nadal auf den Tschechen Tomas Berdych, der gegen den Südafrikaner Kevin Anderson 6:4, 6:4 gewann.
Nadal hatte in Indian Wells nach 346 Tagen Pause sein Comeback auf einem Hardcourt gefeiert. Wegen einer Knieverletzung hatte er die Olympischen Spiele in London und die US Open verpasst. Eine Viruserkrankung verhinderte Nadals Rückkehr bei den Australian Open im Januar.
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