Majka hielt sich in einer überraschend schnell geführten Etappe als einziger Ausreißer bis zum Schlussanstieg an der Spitze und rettete 27 Sekunden Vorsprung vor dem Zweiten Miguel Angel Lopez (Astana) aus Kolumbien ins Ziel.
Froome kam bei der fünften von acht Bergankünften als Vierter zeitgleich mit Nibali mit 31 Sekunden Rückstand an. Der Italiener erhielt als Etappendritter jedoch vier Sekunden Zeitbonifikation.
Froome wehrt Attacken erfolgreich ab
Zwei Tage nach seinem Sturz neutralisierte Froome auf den letzten Kilometern Attacken des Franzosen Romain Bardet (AG2R) und von Spaniens Altstar Alberto Contador (Trek-Segafredo).
Der 32 Jahre alte Brite trug am Samstag bei der diesjährigen Spanien-Rundfahrt bereits zum elften Mal das Rote Trikot des Gesamtführenden.
Die Top-Favoriten auf den Vuelta-Sieg sind am Sonntag bei der nächsten Bergankunft direkt wieder gefragt, wenn es auf einer 129,4 km langen intensiven Etappe in die Sierra Nevada geht.