Der Astana-Fahrer verlor auf dem sechsten Teilstück über 235 km von Civitanova Marche nach Camerino 1:23 Minuten auf den italienischen Tagessieger Michele Scarponi (Diquigiovanni) und fiel in der Gesamtwertung auf Platz drei zurück.
Vor der Schlussetappe am Dienstag über 169 km rund um San Benedetto liegt Klöden 1:07 Minuten hinter Scarponi.
Auf Platz zwei der Gesamtwertung folgt der Italiener Stefano Garzelli (Acqua e Sapone) mit einem Rückstand von 0:25 Minuten.
Garzelli wurde auch auf der sechsten Etappe Zweiter vor seinem Landsmann und Ex-Giro-Sieger Ivan Basso (Liquigas), der den italienischen Dreifach-Triumph perfekt machte.