Nach drei von sieben Prüfungen der ersten Etappe hatte der 22-Jährige im Ford Fokus in Athen einen Vorsprung von 4,2 Sekunden auf den vierfachen französischen Weltmeister Sebastien Loeb im Citroen.
Zwei Sekunden dahinter lag Loebs spanischer Teampartner Daniel Sordo bei dem siebten WM-Lauf auf Rang drei.
Solberg nur Fünfter
Vierter war mit 26,2 Sekunden Rückstand auf Latvala der im Gesamtklassement führende Finne Mikko Hirvonen.
Der Norweger Petter Solberg lag bei der WM-Premiere des neuen Subaru Impreza auf Rang fünf.