Nach einer fehlerfreien 66er Runde übernahm der Amerikaner mit 203 Schlägen (70+67+66) die Führung bei der mit 6,4 Millionen Dollar dotierten Wachovia Championship in Charlotte/North Carolina.
Die Amerikaner Jason Bohn (207-68+67+72) und Heath Slocum (207-71+68+68) teilten sich Rang zwei auf dem Par 72-Kurs im Quail Hollow Golf Club.
Der 32-jährige Woods hatte sich am 15. April einem Eingriff am Knie unterzogen und wird voraussichtlich erst wieder in fünf Wochen starten können.
Der Münchener Alexander Cejka war am Halbzeit-Cut deutlich gescheitert. Nach 148 Schlägen (77+71) hatte der 37 Jahre alte gebürtige Tscheche am Freitag nur den geteilten 104. Platz erreicht. Der Turniersieger kassiert 1,152 Millionen Dollar.