Der 24-Jährige unterschrieb in der Lausitz einen Drei-Jahres-Vertrag. Hünemeier ist nach Torhüter Thorsten Kirschbaum der zweite Neuzugang der Cottbuser.
Der 1,88 m große Verteidiger fungierte in der vergangenen Saison als Kapitän der Drittliga-Mannschaft des BVB und kam dabei zu 33 Spielen und sechs Toren.
In der Bundesliga spielte er fünfmal für die Schwarz-Gelben.