Der 28-Jährige komme vom MSV Duisburg und erhalte einen Zweijahresvertrag, teilte der bisherige Regionalligist mit.
Aygün war zum Jahresanfang auf Leihbasis zu den Oberbayern gewechselt.
"Ich fühle mich sehr wohl im Team hier und denke, Ingolstadt wird eine gute Rolle in der 2. Liga spielen", sagte der Abwehrakteur.