Der 24-Jährige, der 2006 vom SV Darmstadt 98 nach Augsburg kam, absolvierte in der abgelaufenen Saison 33 Zweitliga-Spiele und erzielte ein Tor.
"Wir freuen uns, dass wir mit Benjamin Kern einen weiteren jungen Spieler an den Verein binden konnten", sagte Geschäftsführer Andreas Rettig. Zuvor hatten die Schwaben schon Kapitän Sven Neuhaus und Mittelfeldakteur Patrick Mölzl an den Verein binden können.