Der Deutsch-Tunesier kam im Juli 2007 vom RSC Anderlecht an die Saale und musste in der Hinrunde aufgrund einer Knieverletzung mehrere Monate pausieren.
Zum Beginn der Rückrunde war der 22-jährige Offensivspieler wieder einsatzfähig und erarbeitete sich unter Training Henning Bürger einen Stammplatz.
Allagui absolvierte für Jena 14 Spiele und schoss dabei drei Tore.