Ramadan Sobhi (65.) traf in Alexandria für den Gastgeber.
Da der Tschad am Sonntag aus finanziellen Gründen zurückgezogen hatte, haben Nigeria und Ägypten jeweils nur noch ein Spiel gegen den Gruppendritten Tansania.
Der Afrika-Cup findet im kommenden Januar und Februar in Gabun statt, qualifiziert sind bislang der Gastgeber und Marokko.
Alles zur EM 2016