Der 40-Jährige hatte bereits in der Saison 2007/08 als Cheftrainer von Roter Stern gewirkt und 2009 den SC Lokeren in Belgien betreut.
Prosinecki, der als Spieler 1991 mit dem Verein den Europapokal der Landesmeister gewann, hatte sein Amt nach dem verpatzten Saisonauftakt am Montag zur Verfügung gestellt.