Damit fehlen die drei Spieler ihren Klubs im Endspiel der Champions League am 27. Mai in Rom.
Die UEFA wies in einer Presseerklärung darauf hin, dass die Einsprüche nicht wie vorgeschrieben innerhalb von 24 Stunden nach Spielende eingegangen seien.
Zudem erklärte der europäische Dachverband, dass der Protest auch so zurückgewiesen worden wäre, weil die Tatsachenentscheidung der Schiedsrichter nicht angetastet werde.
Abidal, Alves und Fletcher gesperrt
Abidal hatte im Halbfinale am Mittwoch beim FC Chelsea (1:1) nach einer Notbremse in der 66. Minute die Rote Karte gesehen, Dani Alves wurde zum dritten Mal verwarnt und muss im Endspiel ebenfalls zuschauen.
ManUtd hatte Protest gegen die Rote Karte von Mittelfeldspieler Fletcher eingelegt.
Fletcher hatte beim 3:1 im Halbfinal-Rückspiel am Dienstag beim FC Arsenal wegen Foulspiels im Strafraum die Rote Karte vom italienischen Schiedsrichter Roberto Rosetti gesehen und ist damit im Endspiel gesperrt.