"Dieser Schritt kam für uns völlig überraschend, aber wir akzeptieren seine Entscheidung", sagte Geschäftsführer Thomas Eichin.
Borowski, der mit Deutschland bei der heimischen WM 2006 Dritter wurde, hatte im Sommer die sportliche Leitung von Werders U23 übernommen.
Zuvor hatte der langjährige Bundesliga-Spieler an der Weser ein Trainee-Programm durchlaufen.
Werder Bremen in der Übersicht