Köstner hatte beim VfL in der Hinrunde erfolgreich als Interimstrainer der Bundesliga-Mannschaft agiert.
Der 60-Jährige übernahm nach der Trennung von Trainermanager Felix Magath im Oktober zum zweiten Mal die Profiabteilung der Wölfe und führte das Team vom letzten auf den 15. Tabellenplatz. Zudem schaffte er den Sprung ins Viertelfinale des DFB-Pokals.
Kurz vor Weihnachten kehrte Köstner zugunsten des neuen Trainers Dieter Hecking wieder in die zweite Reihe zurück. Wolfsburgs Manager Klaus Allofs machte die Besetzung des Nachwuchs-Trainer-Postens zur Chefsache.
Allofs hatte als Manager von Werder Bremen den Spieler Ismaël 2003 in die Bundesliga geholt. Der Franzose ist seit Ende 2011 U23-Trainer bei Hannover 96.