Vor 9000 Zuschauern in Osnabrück erzielten Simon Rolfes (11.), Renato Augusto (61.) und Sidney Sam (65.) die Treffer.
Ballack, der am vergangenen Donnerstag beim Spiel bei Rot-Weiß Oberhausen (2:1) sein Comeback nach langer Verletzungspause gegeben hatte, absolvierte in Leverkusen Einzeltraining.
"Michael weiß selber, dass er noch einiges aufzuholen hat", sagte Heynckes. Damit dürfte es für Ballack schwer werden, beim Rückrundenauftakt am Freitag gegen Borussia Dortmund dabei zu sein.
In Osnabrück kam Arturo Vidal wieder zum Einsatz. Der Chilene war erst am Samstag in Leverkusen eingetroffen, nachdem er sich zuvor in der Heimat um seinen erkrankten Sohn kümmern musste.
