Der Schweizer Nationalspieler hatte sich die Verletzung bei der 1:4-Niederlage beim FC Bayern München zugezogen. Magnin musste dabei nach 37 Minuten gegen Arthur Boka ausgewechselt werden.
Der 29-Jährige war wegen eines Bänderrisses im gleichen Fuß erst kürzlich mehrere Wochen ausgefallen. Er fehlt dem VfB somit gegen Eintracht Frankfurt.